V zásadě máte pravdu.
Lidská sídla byla buď v minulosti opuštěna nebo se na jejich základech stále vyvíjelo osídlení.
Princip je tedy zřejmý. Buď se terén na opuštěném místě navýšil působením větru a vody, typicky nánosem spraše, bahna po dešti nebo změnou koryta potoka nebo řeky, nebo přeměnou biologického materiálu, jako je rozklad spadaného listí a jiných rostlinných zbytků.
V případě kontinuálně probíhajícího osídlení jde pak o navážky vzniklé stavební činností a skládkou materiálu. Proto například v určitých částech Prahy za cca 1000 let je nyní úroveň terénu v úrovni původního druhého nadzemního podlaží, tedy vlastně původní přízemí domů tvoří současné sklepy. V případě dřívějších staveb se také stavby hloubily částečně do země, nebylo neobvyklé, že na místě jakéhokoliv dnešního města stály v době středověkého založení původně prozatímní polozemnice, jsou také známé zásobní jámy, ale samozřejmě jde i o vykopávky hrobů.
Dalším případem mohou být takzvané zavřené stavby, kdy se hrad nebo jiné osídlení působením času po opuštění nebo násilném zániku zřítily "do sebe" takže nyní z terénu vystupuje pouze hromada zdiva, po jejíž rozebrání jsou zřetelné například základy.
Poslední, co mě napadá, jsou negativní otisky. V místě, kde bylo například zdivo, později použité na jiné účely, nebo kde stály dřevěné části, sloupy a podpěry, je nyní jiná zemina, je tedy možné rekonstruovat původní konstrukci zaniklé stavby.